Grafik kartınıza ve anakartınıza bağlı olarak, anakartınızdaki PCI-e yuvalarından bazıları özellikle birincil grafik kartınızla kullanılmak üzere tasarlanmış olacaktır. Bunun nedeni, tüm yuvaların eşit yaratılmamasıdır; bazı yuvalar tam x16 şerit sunarken, diğerlerinde yalnızca x8 şerit veya hatta yalnızca x4 şerit olacaktır.
Anakartınızdaki en üst yuva genellikle grafik kartınızı monte etmek için en iyi yer olacaktır, çünkü bu genellikle tam 16x hızında (tam x16 şeritleriyle) çalışan yuvadır, ancak emin olmak için anakartınızın kılavuzunu kontrol etmeye değer.
Grafik kartınızı anakartınızdaki ikinci veya üçüncü PCI-e yuvasına takmanız gerekiyorsa veya çeşitli nedenlerle takmaya karar verirseniz ve bunlar yalnızca 8x veya hatta 4x hızlarında çalışıyorsa, yine de çalışacaktır, ancak performans tam hızlı bir yuvadan daha düşük olabilir.
PCIe standardının geriye dönük uyumlu olduğunu belirtmekte fayda var, bu nedenle örneğin PCI-e 4.0 grafik kartını PCI-e 3.0 yuvasında sorunsuz bir şekilde kullanabilirsiniz, ancak küçük bir performans düşüşü göreceksiniz.