Dependiendo de la tarjeta gráfica y la placa base, algunas de las ranuras PCI-e de la placa base estarán diseñadas específicamente para su uso con la tarjeta gráfica principal. Esto se debe a que no todas las ranuras son iguales, ya que algunas ofrecen todos los carriles x16, mientras que otras sólo tienen carriles x8, o incluso sólo carriles x4.
La ranura superior de la placa base suele ser el mejor lugar para montar la tarjeta gráfica, ya que suele ser la ranura que funciona a máxima velocidad 16x (con todos los carriles x16), pero para asegurarte, conviene consultar el manual de la placa base.
Si necesitas, o por diversas razones decides montar tu tarjeta gráfica en la segunda o tercera ranura PCI-e de tu placa base y éstas sólo funcionan a velocidades 8x o incluso 4x, seguirán funcionando, pero el rendimiento puede ser menor que en una ranura de máxima velocidad.
Cabe destacar que el estándar PCIe es compatible con versiones anteriores, por lo que, por ejemplo, se puede utilizar una tarjeta gráfica PCI-e 4.0 en una ranura PCI-e 3.0 sin problemas, aunque el rendimiento se verá ligeramente afectado.