A seconda della scheda grafica e della scheda madre, alcuni degli slot PCI-e della scheda madre saranno specificamente destinati all'uso con la scheda grafica principale. Questo perché non tutti gli slot sono uguali: alcuni slot offrono tutte le corsie x16, mentre altri hanno solo corsie x8 o addirittura solo x4.
Lo slot superiore della scheda madre è in genere il posto migliore per montare la scheda grafica, in quanto è spesso lo slot che funziona alla velocità massima di 16x (con tutte le corsie x16), ma per essere sicuri è bene controllare il manuale della scheda madre.
Se avete bisogno o per vari motivi decidete di montare la vostra scheda grafica nel secondo o terzo slot PCI-e della scheda madre e questi funzionano solo a velocità 8x o addirittura 4x, funzioneranno comunque, ma le prestazioni possono essere inferiori rispetto a quelle di uno slot a piena velocità.
Vale la pena notare che lo standard PCIe è retrocompatibile, quindi è possibile, ad esempio, utilizzare una scheda grafica PCI-e 4.0 in uno slot PCI-e 3.0 senza alcun problema, anche se le prestazioni subiranno un piccolo calo.