グラフィックスカードとマザーボードによっては、マザーボード上のPCI-Eスロットのいくつかは、プライマリグラフィックスカードで使用するために特別に設計されています。すべてのスロットが同じように作られているわけではなく、x16レーンをフルに提供するスロットもあれば、x8レーンのみ、あるいはx4レーンのみのスロットもあるからです。
通常、マザーボードの一番上のスロットがグラフィックカードを搭載するのに最適な場所です。このスロットは16倍速（x16レーン）で動作することが多いからです。
マザーボードの2番目または3番目のPCI-eスロットにグラフィックカードを装着する必要がある場合、または様々な理由でPCI-eスロットが8倍速または4倍速でしか動作しない場合でも、グラフィックカードは動作しますが、パフォーマンスはフルスピードのスロットよりも低下する可能性があります。
PCIe規格には後方互換性があるため、例えばPCI-e 4.0のグラフィックカードをPCI-e 3.0スロットで問題なく使用できるが、若干のパフォーマンス低下は避けられない。
