Afhankelijk van je grafische kaart en moederbord zullen sommige PCI-e slots op je moederbord specifiek bedoeld zijn voor gebruik met je primaire grafische kaart. Dit komt omdat niet alle slots gelijk zijn: sommige slots bieden de volledige x16 lanes, terwijl andere slechts x8 lanes of zelfs slechts x4 lanes hebben.
De bovenste sleuf op je moederbord is meestal de beste plaats om je grafische kaart te monteren, omdat dit meestal de sleuf is die op de volledige 16x snelheid draait (met de volledige x16 lanes), maar om zeker te zijn is het de moeite waard om de handleiding van je moederbord te controleren.
Als je je grafische kaart in de tweede of derde PCI-e sleuf op je moederbord moet plaatsen, of om verschillende redenen besluit te plaatsen, en deze sleuven werken alleen op 8x of zelfs 4x snelheid, dan zullen ze nog steeds werken, maar de prestaties kunnen lager zijn dan in een sleuf op volle snelheid.
Het is de moeite waard om op te merken dat de PCIe standaard achterwaarts compatibel is, dus je kunt bijvoorbeeld zonder problemen een PCI-e 4.0 grafische kaart gebruiken in een PCI-e 3.0 slot, hoewel je dan een kleine prestatievermindering zult zien.