Afhængigt af dit grafikkort og dit bundkort vil nogle af PCI-e-slottene på dit bundkort være specielt beregnet til brug med dit primære grafikkort. Det skyldes, at ikke alle slots er skabt lige, idet nogle slots tilbyder hele x16-baner, mens andre kun har x8-baner eller endda kun x4-baner.
Den øverste plads på dit bundkort vil typisk være det bedste sted at montere dit grafikkort, da det oftest er den plads, der kører med fuld 16x-hastighed (med alle x16-baner), men for at være sikker er det værd at tjekke dit bundkorts manual.
Hvis du har brug for eller af forskellige årsager beslutter at montere dit grafikkort i den anden eller tredje PCI-e-slot på dit bundkort, og disse kun kører med 8x eller endda 4x hastigheder, vil de stadig fungere, men ydelsen kan være lavere end i en slot med fuld hastighed.
Det er værd at bemærke, at PCIe-standarden er bagudkompatibel, så du kan f.eks. bruge et PCI-e 4.0-grafikkort i et PCI-e 3.0-slot uden problemer, selv om du vil opleve en lille nedgang i ydelsen.